当社は平成11年に、製造の全工程で商品の品質を管理するHACCP（厚生労働大臣承認）を取得しました。生産設備の充実による安全チェック機能はもちろん、生産現場で起こりうるあらゆる問題を排除し、高レベルの水準を満たす衛生管理システムを実現しています。製造スタッフの衛生教育も徹底し、原材料の搬入から製品の出荷、さらには物流まで責任を持って品質を管理しています。

一般的にパッケージで販売されているトレイサビリティシステムは、問題発生後の事後処理がメインのシステムです。赤城乳業はこれに加え、問題発生を防ぐ総合的な生産管理を目指しました。それが当社独自で構築した「AKAGIオリジナルシステム」です。このシステムでは原材料の入荷から品質管理（鮮度管理）までが徹底され、今まで以上の「おいしく安全な商品提供」を実現します。具体的には「品質期限アラーム機能」が設置（一例）されており、原材料の品質期限と仕入れ先情報の管理が徹底されています。